Embora grande parte das infecções não apresente sintomas, muitas delas podem manifestar-se logo após a penetração do agente infeccioso (fase aguda).
Outras, porém, vêm a se manifestar bem mais tarde, permanecendo em estado de latência à espera de uma oportunidade, como a baixa de resistência do hospedeiro. Como exemplo: temos o herpes, a varicela, a tuberculose e a doença de Chagas.
Em muitos casos, após a penetração do agente infeccioso há um período de incubação que perdura desde a penetração do microrganismo até o aparecimento dos primeiros sinais e sintomas.
É uma fase 'silenciosa', ou seja, sem manifestações clínicas.
Pode variar de um agente infeccioso para outro, mas geralmente, é bem menor que o período de latência. Por exemplo, a incubação da rubéola é 2 a 3 semanas; a da febre aftosa, de 2 a 5 dias e o período de latência da toxoplasmose pode durar muitos anos, assim como não há um tempo previsto para o HIV.
Após o período de incubação ou logo após a fase aguda (quando há muitos sintomas), a infecção pode acabar ou, em muitos casos, evoluir para um período chamado de fase crônica, no qual há uma diminuição dos sintomas, no caso da AIDS ou doença de Chagas.