Os agentes infecciosos, após penetrarem no hospedeiro, instalam-se nos tecidos, cavidades ou órgãos que mais os beneficiam, multiplicam-se e, depois, saem ou eliminam formas infectantes (larvas, ovos, cistos).
Para tal, utilizam-se das seguintes portas de saída ou vias de eliminação:
- Ânus e Boca (via digestiva): os agentes infecciosos saem, juntamente com as fezes, pela via digestiva, através do ânus. Estes são normalmente aqueles agentes que penetram por via oral (boca), localizando-se, geralmente, na faringe e órgãos do aparelho digestivo (principalmente nos intestinos). Como exemplos: o vírus da hepatite A e as bactérias causadoras de diarréias (Entamoeba coli, Salmonella, Shigella), febre amarela, febre tifóide, cólera, toxoplasmose, cistecerco de Taenia sp., ovos de S. mansoni, A. lumbricoides, Enterobius (oxíuros) e Trichuris, cistos de amebas e giárdias e larvas de Strongyloides. São eliminados pela saliva, dentre outros, os vírus (herpes, raiva, poliomielite) e bactérias (difteria).
- Nariz e Boca (via respiratória): os agentes infecciosos são expelidos por intermédio de gotículas produzidas pelo mecanismo da tosse, do espirro, de escarros, secreções nasais e expectoração. Geralmente os agentes infectam os pulmões e a parte superior das vias respiratórias. Temos como exemplos as seguintes doenças transmissíveis: sarampo, caxumba, rubéola, catapora, meningite, pneumonia e tuberculose. Muitas vezes, os agentes que se utilizam das vias respiratórias vão para outros locais, causando diferentes manifestações clínicas. É o caso do Streptococos pneumoniae, causador da pneumonia, que também pode provocar sinusite e otite;
- Pele e Mucosa (via transcutânea): normalmente, a pele se descama como resultado da ação do meio ambiente, em função de atividades físicas - como exercícios - e no ato de vestir-se e despir-se. Os agentes infecciosos eliminados pela pele são os que se encontravam alojados nela e que geralmente são transmitidos por contato direto, e não pela liberação no meio ambiente. Através da pele ocorre a saída de vírus (herpes, varicela, verrugas) e bactérias, como as que causam furúnculos, carbúnculos, sífilis e impetigo. Leishmanias responsáveis por úlceras cutâneas e o Sarcoptes scabiei, pela sarna, também utilizam a pele como porta de saída;
- Vagina e Uretra (via urogenital): os agentes infecciosos são geralmente eliminados por via vaginal e uretral - durante a relação sexual ou contato com líquidos corpóreos contaminados - pelo sêmen (HIV, herpes, sífilis, gonorréia e Trichomonas vaginalis), pelas mucosas (fungos) ou urina (febre tifóide e febres hemorrágicas; a leptospirose, transmitida pela urina de ratos e cães infectados).